細菌根據生理作用分類，碳水化合物分解細菌一菜分解糖、淀粉、纖維素等；氨化細菌分解含N有機化合物中的N素；硝化細菌總始氨經硝化細菌作用轉化為亞硝酸，然后轉化為硝酸；反硝化細菌一硝態氨在反硝化細菌作用下，使硝酸還原成還原態氮；固N細菌從大氣中固定N素合成含N化合物。根據營養方式分類:分為自養和異養細菌，在異養方式中分好氧和厭氧型細菌。 真菌對酸度的適應范圍較寬,在pH<4時也能生長。在森林土壤和酸性環境中，是分解土壤有機質的主要微生物類群。有些真菌能在一些根上發育,共同發育成菌根。根據菌根的形態結構，可分為外生菌根和內生菌根。放線菌屬單細胞微生物，在土壤中以菌絲體存在，大量出現在分解的有機物上。有些嗜熱性的放線菌屬能耐高溫,普遍存在于土壤肥料及發熱的干草和堆肥中。在已知的放線菌中,約有50%能產生抗生素,具有抑制其他細菌的能力。 藻類是含葉綠素的低等植物，有些能進行光合作用，自身合成有機質,主要生活在土壤表層。地表藻類能夠和土壤顆粒黏結在一起,增加土壤表面的強度，可使土壤侵蝕明顯減輕。另外藍綠藻可固定N素。土壤生物的主要作用是轉化土壤有機質。具體表現在：對進人土壤的生命殘體和其他有機物質將其轉化為肉眼不能直接看到的普通有機質;使土壤普通有機質進一步轉化為無機物或有機物，如礦質化或腐殖化。
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