監測數據不完整，系統性較差：在污染源的監督監測與防治的整個工作里面，監測數據的作用是十分關鍵的。現在很多監督檢測部門的能力存在很多缺陷；在監測的頻次上，也比較少；還有監測的系統性不好，導致了監測數據不是那么完整，很多比較的指標沒有一個十分有效的數據參考。 對污染源監督監測工作重視度較低：相當一部分環境監督監測單位在對污染源的監督監測上，都沒有給予足夠的重視，大多情況下都是問題出現了以后，才想辦法去把它解決掉，而不是未雨綢繆，早做預防。有部分監測人員的判斷、識別能力都不足，也沒有很強的工作積極性，這都使得監督監測工作的有效開展受到了很大影響。 質控技術落后，信息化水平不高：現在大量的監測站在管理數據的時候，還是手工操作，或者用單機處理方式，數據的集中程度不夠，數據質量也不高，有序化利用的程度也不高，導致現在信息資源的開發利用上，水平是相當落后的；監測指標缺乏全面性。對于pH、SO2、氨氮、NOx、COD、TP、煙塵等監測指標，因為存在監測技術的因素，很多具有特征性的指標要想被有效監督監測出來都比較困難；存在比較多的設備型號，還有各種不一樣的檢測方法，形成了難度不小的運維工作；對于數據的質量沒有很好的控制，導致數據缺乏有效性；數據認定比較困難。因為和在線監測比較起來，手工監測通常存在技術條件和運維人員的干擾因素，導致經常出現數據缺失或者異常的情況。 監督監測體系建設及管理模式有待于完善：一般在線監控監測系統的建設與管理模式包含三類：一是由政府出資交給第三方進行運營；二是政府進行監控，利用市場融資的方式進行運營；三是企業進行出資，而政府則適當的給予補貼，運營則是交給第三方公司。以東莞市為例的話，主要采用的為上述的第3種模式，即由企業來出資，通過政府的適當補貼，主要由第三方公司來運營。東莞市現在就是采用第三種模式，它有一個比較大的問題，即企業比較抵觸，導致經常有故意干擾或破壞在線儀的情況發生。因此，現在急需完善污染源的監督監測體系建設及管理模式。
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